在各界为中国庞大的保障房建设计划叫好的同时，亦有务实的官员和学者开始探讨其巨额资金来源的问题。在加大财政投入的同时，中国试图通过金融创新探索多元化、多层次的保障房融资渠道。
按照规划，中国今年要开工建设保障性住房、棚户区改造住房共1000万套，整个“十二五”期间计划要建设3600万套。但一些市场人士对大规模建设保障性住房的资金来源表示了担心。
据中国住房和城乡建设部测算，今年1000万套的保障房建设大约需要资金1.3万亿元。住建部副部长齐骥在今年两会期间说：“有8000多亿元是通过社会机构的投入和保障对象以及所在的企业筹集来的，剩余的5000多亿元资金，将由中央政府和省级人民政府以及市县政府通过各种渠道来筹集。”
财政部数据显示，去年国有土地有偿出让收入为29397亿元，根据“土地出让净用于保障性住房建设的比例不低于10%”的规定，将至少保证2900亿元资金投入保障房建设。
有关人士认为，地方政府可以动用的资金还有两种，一是住房公积金的增值扣除计提住房公积金贷款风险准备金、住房公积金管理中心的管理费用后，作为建设廉租住房和公租房的补充资金；二是发行地方国债，比如今年中央代地方发行的2000亿元的国债当中，地方要优先用于保障性住房，特别是公共租赁住房建设。
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